展览时间
  • 2020年11月18 - 20日
展会公众号

扫一扫关注长三角
科技成果交易博览会

展商风采 | 志诺维思发布“战新冠”病毒基因变异动态监测平台

(来源:上海南翔精准医学产业园 )

2020/02/28

近日,WHO呼吁全球共享病毒样本、数据并加快对药物和疫苗的研究,全球共享所有流感数据倡议组织(GISAID)正在帮助全球的研究者共享其新冠病毒的基因组数据。2月17日,长三角科交会展商上海(南翔)精准医学产业园落户企业——志诺维思联合中国医师协会(CMDA)、国家基因组科学数据中心(NGDC)、国家基因库(CNGB)和国家科学评论杂志(NSR)等多家权威机构,联合发起数据快速共享倡议:呼吁所有病毒研究者通过国家基因组科学数据中心的“基因组数据仓库(GWH: bigd.big.ac.cn/gwh/)和国家基因库生命大数据平台的序列归档系统(CNSA: db.cngb.org/cnsa)快速分享病毒基因组数据。


在此数据倡议下,志诺维思开发的“战新冠 – 病毒基因变异动态监测平台”可快速分析这些数据并每日更新病毒信息,遵守上述数据库相关规定,承诺分析的所有原始病毒基因组数据权利属于数据提供方,实时分析结果免费向疾控中心、医疗机构、研究人员及公众开放

对此,最新一期国家科学评论杂志发表社论:号召所有拥有病毒基因组数据的研究者通过向快速共享数据和“战新冠”的分析来帮助监测病毒变异的情况和演化动态。(参考最新刊发的国家科学杂志社论:《学术道义与社会职责——呼吁及时公布和共享2019-nCov测序数据》)。
为对抗疫情,志诺维思依靠自身领先的基因组大数据技术经验,火速抽调精兵强将,快速搭建了“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”。根据进化的基本原理,病毒感染人群后可能会发生变异,自然选择偏好高且传染力强的突变毒株将更加利于在人群中传播。通过对病毒基因组序列的大数据分析,我们能够直观地看到这些毒株的变异情况和进化规律。该平台通过对全球不同国家、不同数据库的存量新冠病毒基因组序列进行大数据分析,可以展示全球范围内新冠病毒基因组变异情况、变异毒株的地理分布,并可做到实时监测病毒变异和演化动态,为精准防疫和诊治提供大数据支持
根据昨天(2020年2月16日)最新的病毒序列数据及分析显示,在全球97条新冠病毒序列中,有32条序列没有发生氨基酸改变的基因变异(占比33%),绝大多数毒株只发生了1-2个氨基酸变异(65条,占比67%)。但其中的一个变异毒株(ORF8:L84S),该序列数量为26条,该群体占总病毒群体的比例高达26.8%(图1)。通过对数据的追踪,该毒株群体数量在1月14日~1月31日之间出现快速增长,而第二大株群(ORF7a:P34S)则表现为数量持平或下降(图2)。现有收集到的数据表明,新变异株群(ORF8:L84S)的出现频率明显高于(ORF7a:P34S),如果能排除掉聚集性传染事件,数据能说明该毒株的扩散能力比较强,需要密切监测。
基于目前有限的病毒基因组数据分析显示,当前的新冠病毒序列的氨基酸变异处于缓慢增加的过程。在2月9日~2月16日之间,病毒序列氨基酸变异的类型增加速度进一步放缓(明显受到数据提交速度放缓的影响),氨基酸变异率也未见显著升高。但由于目前数据量仍然较少,在追踪病毒变异随时间的变化上还没有足够的统计学效用,呼吁大家能够在第一时间把更多的新冠病毒基因组序列提交到上述数据库(详见最新刊发的国家科学杂志社论:《学术道义与社会职责——呼吁及时公布和共享2019-nCov测序数据》和战新冠平台:fight-sars2.genowis.com)。
微信截图_20200228140108.png

“战新冠-病毒基因变异动态监测平台”意义:




 协助各地区疾控中心与医疗机构随时了解当地以及其他地区病毒的变异情况、变异率及地域分布,针对不同的情况给出不同的防控措施,协助防疫安排与资源调配;




促进医疗机构、科研机构快速共享数据,并帮助定位影响人群感染程度的基因变异;




为大众提供透明准确病毒变异科学信息,降低大众对于未知流行病和病毒的恐慌;




未来可帮助发现影响症状、预后和药物治疗效果不同的变异,促进新冠肺炎的新型精准诊断和精准治疗方法研发。


微信截图_20200228140141.png

众志成城战疫情,齐心协力克时艰。

今日是万物润泽,大地回春的好日子,

相信在全国人民的共同努力下,

一定能打赢这场疫情防控阻击战!

春暖花开时,山河定无恙!



;